A szökőkutak vize szennyeződhet porral, talajszemcsékkel, állati ürülékkel. Ha a szökőkutak vize szennyeződik, és nem gondoskodnak megfelelő tisztításról, fertőtlenítésről, illetve ha a szökőkút nem üzemel folyamatosan, a kút belső felszínén olyan élőbevonat (nyálkás réteg) alakul ki, amit a hagyományos tisztítási technológiákkal nehéz eltávolítani. A kórokozók elszaporodhatnak az élőbevonatban, ami egyúttal rejtekhelyként is szolgál számukra a fertőtlenítőszerekkel szemben.

Egy meleg nyári napon a szökőkutakban lévő víz könnyen felmelegszik, a 25°C feletti vízhőmérséklet pedig szintén kedvező feltételeket teremt a mikroorganizmusok elszaporodásához. A szennyeződésekkel elsősorban hasmenést okozó mikroorganizmusok (egysejtűek, baktériumok és vírusok) kerülnek a szökőkútba. A fertőződés lehetősége akkor áll fenn, ha a vizet véletlenül lenyelik (pl. pancsolás közben, vagy vizes kézzel élelmiszert megfogva). Az ilyen jellegű fertőzésekre a gyerekek a felnőtteknél fogékonyabbak. Ha valaki mondjuk, csak a lábát lógatja a vízbe, az ebből szempontból nem jelent kockázatot. A szökőkutak esetében kiemelten fontos egy úgynevezett opportunista patogén (feltételesen kórokozó) baktérium, a Legionella. A Legionella baktériumok kis csíraszámban bármilyen édesvízi környezetben előfordulnak, majd a vízhálózatokon keresztül könnyen bejuthatnak a szökőkutakba, és a nyári kánikula idején ott elszaporodhatnak.

A szökőkutakban üzemelés közben nagy mennyiségű vízpermet keletkezik, amit könnyen belélegezhet az, aki benne fürdik. Az apró vízcseppekkel a legionellák a tüdő léghólyagocskáiba is képesek lejutni és helyileg gyulladást okozni. A betegség súlyossága az enyhe influenzaszerű tünetektől az akár halálos kimenetelű légzési elégtelenségig, és tüdőgyulladásig terjedhet. A Legionella az egészséges emberre és gyermekekre nézve általában veszélytelen, de egy legyengült immunrendszer esetén súlyosabb megbetegedést is kiválthat. Elsősorban az idősek, az erős dohányosok és a daganatos vagy immunológiai betegek számára jelent kockázatot. Az esetleges fertőződések megelőzése érdekében fontos, hogy az emberek a kánikula idején is tartsák be a higiénés szabályokat, ne használják fürdésre a dekorációs célból létesített szökőkutak vizét, ne hűsítsék vele arcukat, nyakukat, helyette használják a strandokat, fürdőket, melyek vize mind az üzemeltetők, mind pedig a hatóság részéről folyamatosan ellenőrzött és megfelelő minőségű, fürdésre alkalmas. Az úgynevezett interaktív szökőkutak kialakítása és üzemeltetése más módon történik, mivel ezeket közvetlen érintkezésre tervezték, így ezek kevésbé kockázatosak.